বাংলাদেশ জাতীয় জাদুঘর তিনটি মিলনায়তন ও একটি প্রদর্শনী গ্যালারির মাধ্যমে মিলনায়তন সেবা প্রদান করে। সকল মিলনায়তন ও হল এর দ্বায়িত্বে রয়েছে মিলনায়তন শাখা। মিলনায়তনে জাদুঘরের নিজস্ব অনুষ্ঠান আয়োজন ছাড়াও বিশিষ্ট পন্ডিত ও গবেষকদের লিখিত গ্রন্থের প্রকাশনা, স্মরণ অনুষ্ঠান, প্রদর্শর্নীর উদ্বোধন আয়োজন ও সমাপনী অনুষ্ঠানের জন্য মিলনায়তন ভাড়ার বিনিময়ে বরাদ্দ করা হয়। এছাড়াও প্রতিষ্ঠিত শিল্পীদের সঙ্গীতানুষ্ঠান, সেমিনার, সিম্পোজিয়াম, আলোচনা সভা, চলচ্চিত্র প্রদর্শনী (অনুমতি সাপেক্ষে) মিলনায়তনে আয়োজন করা যায়।
বাংলাদেশ জাতীয় জাদুঘরের অডিটরিয়াম শাখার ৩টি মিলনায়তন ও একটি প্রদর্শনী গ্যালারির তথ্য নিম্নরূপ:
১. প্রধান মিলনায়তন: আসন সংখ্যা ৬৮০ টি।
২. কবি সুফিয়া কামাল মিলনায়তন: আসন সংখ্যা ১৪০ টি।
৩. সিনেপ্লেক্স: আসন সংখ্যা ৪২ টি।
৪. নলিনীকান্ত ভট্টশালী প্রদর্শনী গ্যালারি: মেঝে ৪৬০০ বর্গ ফুট (প্রায়)