শিক্ষা শাখা বাংলাদেশ জাতীয় জাদুঘরের একটি গুরুত্বপূর্ণ শাখা। দেশী বিদেশী দর্শকদের কাছে জাদুঘরের নিদর্শনের ইতিহাস তুলে ধরা শিক্ষা শাখার মূল কাজ। এছাড়াও, বছরব্যাপী সেমিনার, সিম্পোজিয়াম, আলোচনা সভা, সাংস্কৃতিক অনুষ্ঠান, ভ্রাম্যমাণ প্রদর্শনী, বিষয়ভিত্তিক বিশেষ প্রদর্শনী শিক্ষা শাখা নিয়মিত আয়োজন করে থাকে। মূলত শিক্ষা শাখা প্রাণহীন জাদুঘরকে সারা বছর প্রাণবস্ত করে রাখে। এ ছাড়া বছরব্যাপী বিভিন্ন প্রতিযোগিতা, সাংস্কৃতিক অনুষ্ঠান বিশেষ চাহিদা সম্পন্নদের হুইল চেয়ার সেবা, প্রাথমিক চিকিৎসা সেবা শিক্ষা শাখা নিয়মিত প্রদান করে। জাদুঘরের প্রাণবন্ত, উদ্দ্যমী প্রদর্শক প্রভাষকগণ আন্তরিকতার সাথে কাজগুলি সম্পন্ন করে। বলা যায় প্রাণহীন জাদুঘরের প্রাণ সঞ্চালন করে শিক্ষা শাখা।